En la actualidad se siguen varias causas judiciales por este hecho ocurrido durante el Gobierno de Mauricio Macri, y además un Consejo de Guerra estableció sanciones disciplinarias para los mandos superiores de la Armada con responsabilidades en ese siniestro.
El sumergible fue construido a principios de la década de 1980 en el astillero alemán Thyssen Nordseewerke y contaba con 65 metros de eslora (el largo del buque), un diámetro de casco resistente de siete metros y era propulsado por cuatro motores diésel MTU 16 V de 6720 HP.
El San Juan tuvo una reparación de media vida que se extendió entre 2007 y 2014 en el complejo Tandanor, tarea que incluyó más de 600 trabajos, entre ellos el replacado de las 960 baterías y el reemplazo de sus cuatro motores.
En 2016, el entonces jefe de Gabinete Marcos Peña informó al Congreso que el submarino «estaba operativo» en la base de Mar del Plata.
El funcionario fue advertido por legisladores sobre la necesidad de llevar el submarino hacia «dique seco» para efectuarle reparaciones, pero no contestó sobre ese requerimiento.
Informaciones periodísticas consignaron semanas después de la tragedia que se había reportado en el submarino un problema con el snorkel (la válvula de acceso de aire), que originó el ingreso de agua a la nave.
«Ingreso de agua de mar por sistema de ventilación al tanque de baterías N° 3 ocasionó cortocircuito y principio de incendio en el balcón de barra de baterías. Baterías de proa fuera de servicio al momento en inmersión propulsando con circuito dividido. Sin novedades de personal. Mantendré informado», comunicó el comandante del ARA San Juan, el capitán de fragata Pedro Martínez Fernández, a la 7.30 del 15 de noviembre de 2017.
Por la noche del día 16, los medios de comunicación informaron que las autoridades habían perdido contacto con el submarino, cuando la nave se encontraba a 432 kilómetros de la costa patagónica, a la altura del Golfo San Jorge.
Horas más tarde, el Ministerio de Defensa a cargo de Oscar Aguad reconoció el extravío de la nave, y activó el protocolo SAR para la búsqueda y rescate de embarcaciones.
El Gobierno de Macri solicitó ayuda internacional y navíos de Argentina, Alemania, Brasil, Chile, Colombia, Estados Unidos, Francia, Gran Bretaña, Noruega, Perú, Uruguay y Rusia participaron de un operativo que se desplegó en un área de más de casi 500.000 kilómetros cuadrados.
Dos días después, la entonces diputada nacional de la Coalición Cívica Elisa Carrió afirmaba en un programa de televisión que los tripulantes del ARA San Juan estaban «muertos», y el 30 de noviembre Defensa admitió que no había posibilidades de encontrar con vida a los marinos.
Familiares de las víctimas reclamaban que se informara cuál era la misión del submarino y rechazaron por esos días que se declarara un duelo nacional hasta que no se hallaran los restos de la embarcación.
En tanto, la búsqueda de sobrevivientes era abandonada por parte de las autoridades argentinas y la zona de rastrillaje quedaba despejada.
Tras 50 días de acampe en Plaza de Mayo, los familiares lograron que el Gobierno acelerara el proceso de contratación de una empresa para iniciar la búsqueda.
En Caleta Olivia, Santa Cruz, se inició dos días después de la desaparición del submarino una causa judicial a cargo de la magistrada Marta Yáñez.
En 2018, los familiares iniciaron una campaña en reclamo de «búsqueda, verdad y justicia», y pedían que el Gobierno licitara la contratación de un buque que realizara un rastrillaje en la zona en la cual el submarino se había perdido.
Tras 50 días de acampe en Plaza de Mayo, los familiares lograron que el Gobierno acelerara el proceso de contratación de una empresa para iniciar la búsqueda.
Finalmente, el Estado contrató a la empresa con sede en Estados Unidos Ocean Infinity que movilizó hasta la zona al buque Seabed Constructor, que inició la búsqueda con familiares de la tripulación del ARA San Juan a bordo.
Los restos del ARA San Juan estaban muy cerca de la posición donde el buque oceanográfico chileno «Cabo de Hornos» había indicado que podía encontrarse, una información aportada en diciembre de 2017.
En julio de 2019, la Comisión Bicameral estableció en un dictamen que hubo «una clara responsabilidad política y administrativa» de Aguad y sus funcionarios en el hundimiento del submarino.
De los 12 legisladores de la comisión, cuatro integrantes del oficialismo de Cambiemos firmaron en disidencia este informe, que también estableció que el submarino no resultó hundido como consecuencia de un ataque o debido a falencias en el proceso de refacción que concluyó en 2014.
En febrero del 2020, Yáñez procesó a seis altos oficiales navales: el contraalmirante Luis López Mazzeo, al capitán de Navío Claudio Villamide, al contraalmirante Luis Malchiodi, al capitán de navío Hector Alonso, al capitán de fragata Hugo Miguel Correa y al capitán de corbeta Jorge Andrés Sulia por estrago doloso al haber desoído las advertencias sobre el funcionamiento defectuoso del instrumental del submarino.
La pérdida más importante sufrida por la Armada desde la Guerra de Malvinas motivó la realización de un Consejo de Guerra por parte del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas y el Ministerio de Defensa.
Integrado por el jefe del Estado Mayor Conjunto (EMCO) de las Fuerzas Armadas, el general Juan Martín Paleo (Ejército), el brigadier Pedro Girardi (Fuerza Aérea) y el secretario de Estrategia y Asuntos Militares Sergio Rossi -en calidad de presidente-, el Consejo dispuso, tras varios meses de análisis, el arresto riguroso por 45 días de Srur y la destitución del capitán de navío Claudio Villamide, exjefe del comando de submarinos.